SILAC因其高准确性、低批次误差、原位标记的优势，广泛用于细胞蛋白质组定量、蛋白互作研究以及动态调控机制探索。但不少科研人员在实际操作过程中会遭遇标记效率低、质谱背景高、数据偏离生理状态等问题，导致实验重复、进展延迟甚至数据报废。本文将结合实验实践与质谱数据经验，总结SILAC实验中最常见的问题，

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细胞在面对外界环境刺激（如氧化应激、热休克、DNA损伤、营养剥夺等）时，会迅速启动一系列信号通路和转录翻译调控机制，以维持内稳态或诱导凋亡。这一过程被统称为细胞应激反应（cellular stress response），在疾病发生、药物响应和衰老等领域具有重要研究价值。 然而，应激反应往往具有快

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肿瘤发生发展是一个复杂的多阶段过程，涉及基因表达重编程、信号通路失衡、微环境重塑等多重机制。蛋白质组学技术为揭示这些过程提供了系统化工具，但如何实现不同状态下的蛋白定量比较，依然是肿瘤蛋白质组学研究的核心难题之一。在这一背景下，多重SILAC标记（Multi-plexed SILAC）技术应运而生。

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蛋白质通过构建互作网络来执行几乎所有的生物学功能，包括信号转导、代谢调控、转录调控和细胞结构维护等。蛋白互作研究因此成为揭示细胞功能机制和疾病发生基础的重要方向。共免疫沉淀（Co-immunoprecipitation, Co-IP）作为经典的互作检测手段，具有特异性强、操作简便的优势，但其在高通量

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Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture（SILAC，稳定同位素标记的细胞培养）广泛应用于定量蛋白质组学的代谢标记。相比于iTRAQ、TMT等化学标记方法，SILAC因其在细胞水平完成同位素标记，天然避免了样本处理过程中引入的偏差，

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在蛋白质组学和靶向代谢组学等生命科学研究中，精确定量低丰度分子至关重要。质谱（Mass Spectrometry, MS）技术中，SRM（Selected Reaction Monitoring）和PRM（Parallel Reaction Monitoring）是两种主流的靶向定量策略，广泛应用于

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PRM (Parallel Reaction Monitoring, 平行反应监测) 是基于高分辨质诊技术的一种靶对性定量方法，已成为生命科学领域高级定量分析的重要工具。与经典的 SRM (选择反应监测) 相比，PRM定量蛋白质组学应用了 Orbitrap 或 TOF 类型质谱仪，对细分结构进行全路

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蛋白质直接反映着细胞状态、疾病进程及治疗响应。随着质谱技术的飞速发展，Bottom-Up蛋白质组学（自下而上蛋白质组学）正在成为临床研究领域中探索疾病机制、发现生物标志物和优化个体化治疗策略的核心技术手段。本文将深入剖析Bottom-Up蛋白质组学在临床研究中的主要应用场景，并介绍百泰派克生物科技如

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Bottom-Up蛋白质组学（自下而上蛋白质组学）通过对蛋白质进行酶解，再利用质谱技术分析肽段，从而实现蛋白质的鉴定与定量。而在众多质谱平台中，Orbitrap质谱仪凭借其高分辨率、高灵敏度和卓越的质量精度，成为Bottom-Up蛋白质组学中不可或缺的核心工具。在本文中，我们将深入探讨Orbitra

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基于STRING数据库的蛋白质分析是利用STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）数据库来研究蛋白质相互作用的技术。在蛋白质组学研究中，蛋白质间的相互作用是理解生物学功能的关键。通过基于STRING数据库的蛋

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